Lahden kaupunginmuseossa on vuoden 2012 alusta lähtien tullut voimaan uusi organisaatiorakenne. Nykyisessä organisaatiossa Lahden museoiden toiminta on jaettu neljään yksikköön: tutkimus- ja kulttuuriympäristöyksikköön, kokoelmayksikköön, näyttelytoimintayksikköön ja asiakaspalveluyksikköön.
Lahden kaupunginmuseon toimipaikkoja ovat Hiihtomuseo, Lahden historiallinen museo, Lahden taidemuseo, Julistemuseo, Radio- ja tv-museo sekä Kokoelmakeskus.